La chirurgia odontostomatologica si occupa dell'estrazione di denti molto malati o distrutti che non è possibile salvare con altra terapia (per esempio con l'endodonzia), e dell'estrazione di residui radicolari; della rimozione di radici o di denti rimasti inclusi o semi-inclusi nell'osso come gli ottavi in disodontiasi; di frenulectomie, alveoloplastiche, asportazione dell'apice di denti coinvolti in processi infiammatori quando non trattabili con la sola endodonzia, asportazione di cisti e tumori e neoformazioni del cavo orale. A scopo implantoprotesico può rendersi necessaria l'elevazione del pavimento del seno mascellare mediante innesto di materiale biocompatibile (osso autologo o eterologo, fattore di crescita derivante dalle piastrine ecc.). La chirurgia odontostomatologica concerne anche l'estrazione di denti sani in casi di "affollamento dentario" (situazione in cui la larghezza complessiva degli elementi dentari di un'arcata è superiore alla larghezza dell'arcata stessa) o ai fini di una corretta terapia ortodontica.